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2016年12月5日学术报告会
2017-01-11 10:22   审核人:

报告(一)时间:125日上午10:00;地点:计算机学院楼320会议室

Title:Structural variation identification and its applications in decoding cancer genome

Speaker: Dr. Ken Wing-Kin Sung

 Abstract: Structural variations (SVs) are large-scale variations in our genome, often more than 50 nucleotides.On average, each individual has a few hundreds to tens of thousands of SVs.Although the number of SVs per individual is much lower than that of single nucleotide variations (SNVs) and small indels, SVs affect more nucleotides and they are also highly related todisease risks and phenotypic variations.

The advance in next generation sequencing enables us to sequencethe whole genome of an individual cost effectively.With sequencing dataset, computational methods have been developedto call SVs.This presentation will describethe application of the SV calling pipeline to identify SVs in Hepatocellular carcinoma (HCC) and chronic myelogenous leukemia (CML).

Bio: Dr. Wing-Kin Sung received both the B.Sc. and the Ph.D. degree in theDepartment of Computer Science from the University of Hong Kong in 1993, 1998,respectively. He is a professor in the Department of Computer Science, Schoolof Computing, NUS. Also, he is a senior group leader in Genome Institute ofSingapore. He has over 20 years experience in Algorithm and Bioinformatics research. He also teaches courses on bioinformatics for both undergraduate and postgraduate.Dr. Sung published over 230 high impact papers, including JACM, SIAM Journalof Computing, RECOMB, Nature, Nature Genetics, Genome Biology, Bioinformatics,etc.He was conferred the 2003 FIT paper award (Japan), the 2006 National Science Award (Singapore), and the 2008 Young Researcher Award (NUS) for his research contribution in algorithm and bioinformatics. His personal website is http://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/.

主持人:尚学群教授

 

报告(二)时间:125日下午14:00;地点:计算机学院楼320会议室

报告题目:三维基因组学的研究与进展 

报告人:李国亮教授

摘要:人类基因组测序完成已有十多年。但是,基因组信息如何指导基因在特定空间和时间表达的机理仍有待阐明。结构决定功能是认识自然规律中的一个共识。在生物学中,这一共识不仅适用于RNA、蛋白质等小规模的有机分子,同样也应该适用于全基因组这样的DNA大分子。最近的研究表明,基因组的三维空间结构对基因组的表达、调控等功能有重要的影响。因此,研究全基因组的三维空间结构和功能成为基因组学一个新发展趋势。基因组三维空间结构与功能的研究简称三维基因组学,是指在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构,及其对基因转录、复制、修复等生物过程中功能的研究。随着大规模基因组测序技术的发展,我们已经拥有研究三维基因组的相关技术如ChIA-PETHi-C。初步的ChIA-PETHi-C数据分析展示了基因组三维空间结构对基因组功能的意义,为进一步研究基因组三维空间结构和功能提供了基础。在本报告中将总结三维基因组学研究的发展,概括三维基因组学研究中的问题和目前的进展,并以IIRNA聚合酶参与的ChIA-PET数据为重点,研究远程调控元件参与的基因转录调控,以及三维基因组中的关键问题及解决思路。 

个人简介:李国亮博士于1994年获得西安交通大学自动控制专业学士、2001年获得中科院自动化所自动控制专业硕士、2009年获得新加坡国立大学计算机专业博士。现为华中农业大学信息学院生物信息学系主任,青年千人,楚天学者特聘教授,Genome BiologyNature Communication等多刊审稿人,中国计算机协会生物信息专委会委员,三维基因组学分析平台ChIA-PET Tool的开发者。以(共同)第一作者、通讯作者在《Cell》、《Nature Genetics》、《Genome Biology》等杂志上发表论文17篇,共发表SCI文章40多篇。主要研究方向为:生物大数据,计算生物学,生物信息学,三维基因组学,表观遗传学。

主持人:尚学群教授

 

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